Il sistema di allertamento si articola su tre attività fondamentali.
La prima comprende il monitoraggio sismico, operato dal Centro Allerta Tsunami dell'INGV, attraverso il quale vengono rilevati i terremoti con epicentro in mare o nelle immediate vicinanze; valutato il loro potenziale tsunamigenico; stimati i tempi di arrivo della prima onda di maremoto lungo le coste esposte; comunicata, nel più breve tempo possibile, l’allerta al Dipartimento della Protezione Civile.
La seconda fase prevede la diffusione dei messaggi di allertamento, da parte del DPC, alle strutture e ai componenti del servizio nazionale della Protezione Civile con l’obiettivo di raggiungere, nel minor tempo possibile, anche la popolazione potenzialmente interessata.
La terza attività del SiAM consiste nell'analisi dei dati delle reti mareografiche presenti nel Mediterraneo, inclusa la rete mareografica nazionale (RMN) gestita dall’ISPRA, che consente di rilevare il verificarsi di anomalie nel livello del mare alle diverse stazioni di rilevamento, confermando o meno l’arrivo dell’eventuale onda di maremoto. Questi dati sono analizzati in tempo reale dal CAT-INGV per la conferma e per quantificare l’entità dello tsunami, o viceversa per cancellare l’allerta diramata, nel caso in cui gli strumenti non rilevino alcuna anomalia nel livello del mare.
L’area di monitoraggio di competenza del SiAM comprende tutte le coste del Mediterraneo e si estende da cento km a Ovest dello stretto di Gibilterra al Mar di Marmara, abbracciando le coste di venti Paesi. Il CAT-INGV, inoltre, nella sua qualità di Tsunami Service Provider dell'ICG/NEAMTWS, invia i messaggi d’allerta a diversi paesi del Mediterraneo, in particolare alle agenzie e istituzioni di Cipro, Egitto, Germania, Israele, Libano, Malta, Spagna, con l’obiettivo futuro di coprire tutti i paesi dell’area mediterranea. I messaggi vengono altresì inviati agli altri centri di allertamento (TSP) dell'ICG/NEAMTWS, con i quali esiste una stretta collaborazione: il Centre d'Alerte aux Tsunamis ( CENALT ) in Francia, l’Hellenic National Tsunami Warning Centre, istituito presso il National Observatory of Athens, Institute of Geodynamics ( NOA/HL-NTWC ) in Grecia e il Boğaziçi University Kandilli Observatory and Earthquake Research Institute - Regional Earthquake-Tsunami Monitoring Center, ( KOERI-RETMC ) in Turchia e l' Instituto Português do Mar e da Atmosfera ( IPMA ), in Portogallo.
Data la forma delle coste del Mediterraneo, la posizione geografica delle principali sorgenti sismiche conosciute, i tempi inevitabilmente necessari per registrare, elaborare e valutare i dati e l’incertezza che caratterizza questo tipo di stime, non è possibile garantire che l’arrivo di un maremoto sulla costa sia sempre preceduto dal messaggio di allerta, e nemmeno che ogni messaggio di allerta sia sempre seguito da uno tsunami.
La direttiva prevedeva che il Capo del Dipartimento della Protezione civile fornisse le indicazioni per l’aggiornamento dei piani d’emergenza, individuando le aree costiere potenzialmente esposte a maremoti generati da terremoti e le relative zone di allertamento sulla base degli elementi forniti da INGV e da ISPRA. Di conseguenza, nel 2018 sono state pubblicate le indicazioni per l’aggiornamento delle pianificazioni di protezione civile per il rischio maremoto , il cui principale scopo è quello di fornire alle diverse componenti e strutture operative del Servizio Nazionale elementi utili per la pianificazione degli interventi di protezione civile da mettere in atto per salvaguardare la popolazione delle aree costiere interessate da un eventuale maremoto.